小麦腥黑穗病的初侵染有3个方面，即种子带菌，粪肥带菌和土壤带菌，远距离传播的重要途径是种子带菌。该病只能在小麦苗期进行一次侵染，初侵染点在麦苗出土前的幼芽鞘和小麦出土后幼苗的伤口。发病率高低受菌量、土壤温度、光照、栽培管理条件等影响。菌量高，发病重；冬麦晚播、春麦早播或播种较深、覆土较厚者，不利麦苗生长，出土慢，增加了病菌侵染机会，发病重；地下害虫发生重的田块，幼苗出土后植株虫伤口多，也加大了病菌侵染机会，发病较重。
小麦腥黑穗病的防治方法：
（1）选用抗耐病品种
（2）栽培管理措施；播种要适期，播种深度要适宜，同时注意防治地下害虫。
（3）药剂防治
①播种前亩用40%五氯硝苯粉剂500克，拌100千克种子，搅匀后播种。兼治小麦秆黑粉病。
②播种前12.5%烯唑醇（禾果利）可湿性粉剂15克，加水3千克，拌30千克麦种，拌匀后堆闷10小时播种。也可以采用粉锈宁或立克拌种。
③播种前每100千克种子用40%拌种双可湿性粉剂100—200克拌种。拌匀后稍晾干播种。