小麦腥黑穗病病原菌有二种，一种是小麦网腥黑偻菌，另一种是小麦光腥黑粉菌，有报道称小麦矮腥黑粉菌也能引起腥黑穗病发生，均属担子菌亚门，主要为害小麦属，而大麦属中的普通大麦及黑麦也受害，迄今已知禾本科有18个属受害。腥黑穗病菌的厚垣孢子在水中即能萌发，猪、马、牛粪浸出液有促进萌发作用。存放干燥场所的厚垣孢子可存活数年之久，处在湿土内的厚垣孢子则只能活数月。、
小麦腥黑穗病是苗期侵染，主要在穗部表现症状。病株一般较健株稍矮，分蘖增多，病穗短直，颜色较健穗深，初为灰绿色，后变为灰黄色；颖壳略向外张开，颖片略开裂，露出部分的病粒（称菌瘿），初为暗绿色，后变为灰黑色，用手挤压后，易破裂，内有黑色粉末（即病菌的厚垣孢子）。菌瘿因含有挥发性三甲胺，有鱼腥气味，所以称“腥黑穗病”。