小麦秆锈病主要发生在华东沿海、长江流域、南方冬麦区及东北、华北的内蒙古、西北春麦区。主要发生在叶鞘和茎秆上，也为害叶片和穗部。夏孢子堆大，长椭圆形，深褐色或褐黄色，排列不规则，散生，常连接成大斑，成熟后表皮易破裂，表皮大片开裂且向外翻成唇状，散出大量锈褐色粉末，即夏孢子。小麦的成熟时，在夏孢子堆及其附近出现黑色椭圆至长条形冬孢子堆，后表皮破裂，散出黑色粉末状物，即冬孢子。三种锈病区别可用“条锈成行叶锈乱，秆锈是个大红斑”来概括。
小麦杆锈病病原PucciniagraminisPers.var.triticiEriksetHenn.称禾柄锈锈菌（小麦变种），属担子菌亚门。菌丝丝状，有分隔，寄生在小麦细胞间隙，产生夏孢子和冬孢子在小麦上。夏孢子单胞，椭圆形，暗橙黄色，大小17—47×14—22（μm），表面生有棘状突起，中腰部有发芽孔4个。冬孢子双胞，棍棒形至纺锤形，大小35—65×11—22（μm），顶端壁略厚，圆形或稍尖，柄长。该菌可产生5种不同类型的孢子。冬孢子萌发产生小孢子，小孢子为害转主寄主小蘖，且在小蘖叶片正面形成性孢子器及性孢子，在叶背面产生锈子和锈孢子。小麦秆锈菌致病性有生理分化现象，目前我国已发现16个生理小种，其中21C#3小种是优势种。