小麦秆锈病主要发生在华东沿海、长江流域、南方冬麦区及东北、华北的内蒙古、西北春麦区。主要发生在叶鞘和茎秆上，也为害叶片和穗部。夏孢子堆大，长椭圆形，深褐色或褐黄色，排列不规则，散生，常连接成大斑，成熟后表皮易破裂，表皮大片开裂且向外翻成唇状，散出大量锈褐色粉末，即夏孢子。小麦的成熟时，在夏孢子堆及其附近出现黑色椭圆至长条形冬孢子堆，后表皮破裂，散出黑色粉末状物，即冬孢子。三种锈病区别可用“条锈成行叶锈乱，秆锈是个大红斑”来概括。
防治方法： （1）选用抗病品种，如东北麦区的克丰系列、克旱系列、新曙光系列、龙麦、辽麦系列，内蒙古的蒙杂系列，黄淮地区的泰山1号等。大多抗21号小种，要注意新小种34C#3和34C#3.种植时要兼顾抗源的多样化和合理布局。新育出的抗秆锈的春小麦品种有蒙麦30号、龙麦23号、龙辐麦7号、陇春15号、宁春24号、陇春8139、定丰3号等。抗秆锈冬麦品种有京411，皖麦26、27，豫麦18号，新宝丰（7228），早麦5号，贵丰1号，滇麦18、19号。（2）药剂防治 参见小麦条锈病、叶锈病。