小麦秆锈病主要以夏孢子完成病害的侵染循环，在转主寄主小蘖叶背形成的锈孢子侵染小麦，又形成夏孢子 和冬孢子，因此认为转主寄主作用不大或不起作用。我国小麦秆锈菌主要以夏孢子世代在福建、广东沿海地区、云南南部麦区越冬。翌春，夏孢子由越冬基地逐渐北移，经长江流域、华北平原到达东北、西北和内蒙古春麦区。秆锈菌越夏区域较宽，在西北、华北、东北及西南冷凉麦区晚熟春小麦及自生麦苗上可以越夏。山东的胶东和 江苏的徐淮平原麦区自生麦苗上也可越夏。夏孢子借气流进行远距离传播，从气孔侵入寄主，病菌侵入适温18- 22℃。竿千锈病流行需要较高的温度和湿度，尤其需要液态水，如降雨、结露或有雾。露时越长，侵入率越高，在叶面湿润时的温度，即露温适宜时适其侵入，需露时8—10小时，生产上遇有露温高、露时长时发病重。小麦品种间抗病性差异明显，该菌小种变异不快，品种抗病性较稳定，近20年来没有大的流行。