小麦散黑穗病俗称黑疸、灰包等，发病率在1-5%，近几年，在农民自留麦地，小麦散黑穗病有越来越严重的趋势。
防治小麦散黑穗病，除利用抗病品种外，应采用以种植无病种子和种子处理为主的综合防治。
种子处理（一）药剂处理：50%和穗安可湿性粉剂、25%粉锈宁可湿性粉剂、40%拌种双可湿性粉剂，用种子量的0.2%拌种均能收到良好效果。上述处理后的种子和包衣剂混合然后拌种，可以提高防治效果。有些药剂在拌种时注意不要超过规定量，以免发生药害。（二）物理1、温汤浸种：（1）变温浸种：先将种子在冷水中预浸4-6小时使菌丝萌动，在49℃的水中浸1分钟，然后在52-54的水中10分钟。此方法防治效果较好，但需严格掌握温度，且操作较繁，大面积推广应用不太方便。（2）恒温浸种：将种子于44-46℃水中浸3小时，然后捞出，冷却并晾干备用。恒温浸种比较，并有良好的防治效果，可以将发病率降低到0.5%以下，便于大面积处理。2、生理杀菌处理：用生石灰和消石灰0.5公斤，加清水50公斤，可浸麦种30-50公斤，水温在20℃时浸3-4天，25℃时浸2-3天，35℃时只需1天。浸完后晾干播种。此方法操作简便，取材容易，效力也很高，明显优于温汤浸种。在浸种过程中，麦种不易不过多，以种子厚度2尺为宜，以防底部种子发热霉变。石灰水浸种的菌丝作用，是一种生理杀菌。种子在无氧的情况下，产生乙酸或乙醛，杀死潜伏在种子内部的菌丝体。在处理过程中，石灰只起防腐作用，与杀死种子内潜伏的病菌并无关系。