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小麦秆锈病病菌虽也属多胞型转主寄生锈菌，但在我国，其转主寄主（小檗属）在病害循环中作用不大。同时，由于此菌对低温和高温都较敏感，故其夏孢子在南方不易越夏，在北方不易越冬，其越冬基地主要在东南沿海的冬麦区。在广东，本病在田间出现都比条锈、叶锈病为晚，盛病期多在3-4月，这期间如植株处于抽穗前后，又适逢温暖多雨，加之偏施氮肥致植株徒长贪青，成熟期延迟，则易流行成灾。反之，如能早播和善管肥水，植株稳生稳长，熟期提早，就能避过盛病季节，发病减轻。
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