水稻基腐病主要危害水稻根节部和茎基部。水稻分蘖期发病常在近土表茎基部叶鞘上产生水浸状椭圆形斑，渐扩展为边缘褐色、中间枯白的不规则形大斑，剥去叶鞘可见根节部变黑褐，有时可见深褐色纵条，根节腐烂，伴有恶臭，植株心叶青枯变黄。
（1）选用抗病良种。如四梅2号、广陆矮4号、矮粳23、浙福802、农林百选、盐粳2号、武香粳、汕优6号、双糯4号、中粳574、南粳34等可因地制宜地选用。
（2）培育壮苗，推广工厂化育苗，采用湿润育秧。适当增施磷、钾肥确保壮苗。要小苗直栽浅栽，避免伤口。
（3）提倡水旱轮作，增施有机肥，采用配方施肥技术。
（4）以施杀菌农药为主，兼增施磷钾肥提高植株抗病性。可用50%氯溴异氰尿酸喷施防治。医用链霉素200PPM浓度或农用素120（嘧啶核苷类素）800-1200倍液叶面喷雾；新植霉素600倍液叶雾；高科38%恶霜嘧铜菌酯1000倍液茎基部均匀喷施；菌克毒克300倍液喷雾；30%甲霜恶霉灵800倍液灌根，5天左右喷一次，视病情程度需施药2-3次。此外，还需要放浅水层，改善植株根际条件，降低发病。已发病的稻田不能做为留种田。