水稻茎腐病病原在病稻桩、病稻草和杂草上越冬。病菌主要从根部、茎基部伤口侵入，在水稻生育期可反复多次侵染，扩大危害。发病与品种、肥水管理、气候条件有密切关系。
（1）品种：水稻不同类型和品种之间的抗病性有明显差异。早熟品种发病比中、晚熟品种重；粳稻发病重，杂交稻发病轻。
（2）肥水管理：氮肥施用过多或过迟，稻苗生长柔嫩，发病重。增施有机肥及磷、钾肥，有减轻发病的作用。地势低洼，排水不良的田块发病较重。浅水勤灌可减轻病害。
（3）气候条件：成熟期遇大风、低温阴雨天气，特别是紧接着出太阳，常导致此病大发生。温度左右着发病始期和发生轻重，7～8月份气温高，发病早，且病情发展迅速。