水稻胡麻叶斑病由半知菌亚门稻平脐蠕孢（Cochliobolusmiyabeanus（ItoetKubibay）DrechsleretDastur.）侵染所致。病菌以以菌丝体在病草、颖壳内或以分生孢子附着在种子和病草上越冬，成为翌年初侵染源。在干燥条件下，病斑上的分生孢子在干燥条件下可存活2~3年，潜伏菌丝体能存活3~4年，菌丝翻入土中经一个冬季后失去活力。带病种子播后，潜伏菌丝体可直接侵害幼苗，分生孢子则借助气流传播至水稻植株上，从表皮直接侵入或从气孔侵入。条件适宜时很快出现病症，并形成分生孢子，借助风雨传播进行再侵染。
病菌菌丝生长适宜温度为5~35℃，适温度24~30℃；分生孢子形成的适宜温度为8~33℃，以30℃适，孢子萌发的适宜温度为2~40℃，以24~30℃适。孢子萌发须有水滴存在，相对湿度大于92%.饱和湿度下25~28℃，4小时就可侵入寄主。
高温高湿、有雾露存在时发病重。水稻品种间存在抗病差异。同品种中，一般苗期易感病，分蘖期抗性增强，分蘖末期抗性又减弱，此与水稻在不同时期对氮素吸收能力有关。一般缺肥或贫瘠的地块，缺钾肥、土壤为酸性或砂质土壤漏肥漏水严重的地块，缺水或长期积水的地块，发病重。