小麦白秆病病菌以菌丝体或分生孢子器在种子和病残体上越冬或越夏。在青藏高原低温干燥的条件下，种子种皮内的病菌可存活4年，其存活率随贮藏时间下降。土壤带菌也可传病，但病残体一旦翻入土中，其上携带的病菌只能存活2个月。在田间早期病害出现后，病部可产生分生孢子器，释放出大量分生孢子，侵入寄主的组织，使病害扩展。小麦白秆病病害流行程度与当地种子带菌率高低，小麦品种的抗病程度及小麦拔节后期开花至灌浆阶段温湿度高低及田间小气候有关。
在青藏高原7、8月多雨、气温偏低易于小麦白秆病流行。向阳的山坡地，气温较高，湿度低，通风良好则发病轻；背阴的麦田，温度偏低，湿度偏大则发病重。在麦品种间抗病性有差异。