棉花枯萎病对棉花的危害十分大，曾经是我国的重要植物检疫对象，在我国大部分省份都有发生，严重时会造成棉苗大量死亡。
棉花枯萎病是棉花上的重要病害，过去曾作为国内重要植物检疫对象，至今在有些省区仍作为植物检疫对象。此病早于1892年在美国发现，以后随棉种调运而迅速扩散蔓延，目前在世界各主要产棉国均有发生。我国于1934年在江苏南通和上海川沙等县早发现此病，20世纪70~80年代初期，遍布各主要产棉区，并形成严重危害，估计每年因此病损失皮棉200万担。20世纪80年代中期以后，随大量抗病品种的推广，枯萎病在我国南北棉区基本得到控制，但局部棉区发生仍然较重，其中特别是新疆棉区常造成大片死亡，目前仍是棉花生产上的一个重要病害。