棉花枯萎病重要的初侵染源二春季播种后病菌开始萌发，菌丝会从根部伤口或根毛侵入，在高温高湿天气下容易发生。
棉花枯萎病病原学名Fusarium oxysporum f.sp.vasinfectum 称尖孢镰刀菌萎蔫化型，属半知菌亚门。病菌主要在种子、病残体或土壤及粪肥中越冬。带菌种子的调运成为新病区主要初侵染源 ，土壤带菌是病区 重要的初侵染源二春季播种后病菌开始萌发，产生菌丝，从棉株根部伤口或直接从根毛及根表皮侵入，在寄主维管束内繁殖扩展，进入枝叶、铃柄、种子等部位二病菌可通过中耕、 浇水、农事操作等近 距离传播，病残体遇高湿的条件也可长出孢子借气流或风雨传播，从而进行侵染。棉枯萎病菌的远距离传播，主要是借助于附着在棉花种子上的病菌和带菌的棉籽饼：定苗至现蕾期 出现第1个发病高峰； 夏季高温季节，病菌生长受到抑制，病害发展缓慢；至秋季多雨，气温下降，病菌生长旺盛，出现第2个发病高峰夏季大雨或暴雨后，地温下降易发病：秋季多雨时，重病株从顶端 向下方枯死，在枯死的 茎秆节部会产生大量分生孢子，起再次侵染的作用。子叶期至结铃吐絮期均可发病，以5片真叶到蕾铃期发病较重，为害盛期多在现蕾期。土壤温度20℃时开始发病，25-30℃时发 病有利，达到33—35 ℃病情减轻，在9月份以后形成二次发病高峰土壤湿度和该病的发生关系更密切，如果棉花出苗后，遇到几次大的降雨，土壤湿度大，地温降低，通气不良，不利于棉花根系发育 ，常引起棉花枯萎病爆发 。