棉花枯萎病的症状可以分为黄色网纹型、紫红型或黄化型、皱缩型、青枯型、顶枯型，不同类型表现的症状不尽相同。
枯萎病在子叶期即可表现症状，现蕾期达到发病高峰，重病株大量死亡。现蕾期过后，未死的病株逐渐恢复生长，症状趋向不明显或隐蔽。到结铃后期，温度下降，病株可再次表现症状，叶片、蕾 铃大量脱落，重者枯死。
常表现出不同的症状：
①黄色网纹型：病叶叶脉褪绿变黄，叶肉仍为绿色，呈现黄色网纹状，叶片变褐枯死或脱落；
②紫红型或黄化型：子叶或真叶呈紫红色或黄色，多在叶缘发生，无明显网纹，严重时全株枯死；
③皱缩型：病株节间缩短，明显矮化，叶片深绿色，稍增厚，皱缩不平；
④青枯型：多发生在暴雨后，全株叶片萎蔫下垂，青干枯死；
⑤顶枯型：多发生在棉花生长后期，病株自上而下逐渐枯死，叶片、蕾铃大量脱落。病株维管束变为深褐色。在潮湿条件下，枯死的病株茎秆表面能产生大量的粉红色霉层。