大豆锈病的症状表现在许多方面，例如，染病叶片会出现褐色小点，叶脉死斑，严重者会造成叶片和茎秆脱落。
大豆锈病整个生育期均可发病，主要侵染叶片，也可为害叶柄、茎秆。发病初期叶片上出现褐色小点，以后病斑逐渐扩大，呈黄褐色，红褐色，紫褐色或黑褐色小斑，病部渐隆起，形成夏孢子堆，病斑密集时，形成被叶脉限制的坏死斑，病斑表皮破裂，散出很多锈色夏孢子。生育后期，在夏孢子堆四周形成黑褐色多角形稍隆起的冬孢子堆。孢子堆在叶片的背面或正面，表皮不破裂。植株一般先从下部叶片感病，向上蔓延，叶片迅速发黄，并提早脱落。密布孢子堆的叶片变黄干枯，引起早期落叶。发病早的植株矮小，豆荚数显著减少，籽粒不饱满。叶柄和茎发病，症状与叶片症状相似。