大豆疫霉根腐病的防治从选种到种植管理到发生病害之后这期间都可提前预防，例如，选择抗病品种、加强管理、及时处理掉病株、进行药剂防治等。
从疫区调拨种子到保护区时要严格进行检疫，以防病害向保护区扩展。因地制宜地种植抗病品种。及时深耕和中耕培土。雨后及时排除积水，降低土壤含水量。用非寄主作物与大豆轮作也可以减少 该病害的发生。
播种前用下列药剂进行种子处理：25%多菌灵·福美双悬浮种衣剂1:50—70（药：种）；50%甲霜灵·多菌灵种子处理可分散粉剂250一333g/100kg种子；400g/L萎锈灵·福美双悬浮剂140一200ml/100kg种子；259/L咯菌腈悬浮种衣剂15—20g/100kg种子；30%福美双·克百威悬浮剂1:50—75（药：种）；30%多菌灵·福美双·克百威悬浮种衣剂1:60—80（药：种）；20.5%多菌灵·福 美双·甲维盐悬浮种衣剂1:60—80（药：种）；38%多菌灵·福美双·毒死蜱浮种衣剂1:60一80（药：种）；25%丁硫克百威·福美双悬浮种衣剂500一625g/100kg种子。
发病初期喷洒药剂防治，药剂应交替使用，以避免长期单一使用而产生抗药性：喷洒或浇灌下列药剂：25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液；58%甲霜灵·代森锰锌可湿性粉剂600倍液；2%宁南霉素 水剂300一400倍液；64%恶霜灵·代森锰锌可湿性粉剂500倍液；72%霜脲氰·代森锰锌可湿性粉剂600倍液。