大豆枯萎病发病初期会造成幼苗萎蔫，茎秆随之软化，叶片发黄卷缩，呈青枯状，但不会脱落，影响大豆根部生长，危害极大。
大豆枯萎病是系统性侵染的整株病害，染病初期叶片由下向上逐渐变黄至黄褐色萎蔫。幼苗发病后先萎蔫，茎软化，叶片褪绿或卷缩，呈青枯状，不脱落，叶柄也不下垂：成株期病株叶片先从上往 下萎蔫黄化枯死，一侧或侧枝先黄化萎蔫再累及全株。病根发育不健全，幼苗幼株根系腐烂坏死，呈褐色并扩展至地上3-5节。成株病根呈干枯状坏死，褐色至深褐色。剖开病部根系，可见维管束变褐 。病茎明显细缩，有褐色坏死斑，病健部分明，在病健结合处髓腔中可见粉红色菌丝，病健结合处以上部水渍状变褐色。后期在病株茎的基部产生白色絮状菌丝和粉红色胶状物，即病原菌丝和分生孢子 。病茎部维管束变为褐色，木质部及髓腔不变色。