西瓜菌核病能使西瓜茎蔓、叶柄、卷须、花、果实均可受害。茎蔓受害，初为水浸状斑点，后变为浅褐色至褐色，当病斑环绕茎蔓1周以后，受害部位以上茎蔓和叶片失水萎蔫，枯死。湿度大时，病部变软，表面长出白色絮状霉层，即病原菌的菌丝体，后期病部产生鼠粪状黑色菌核。果实发病多在脐部，受害部位初呈褐色、水浸状软腐，病斑不断向果柄扩展，病部产生棉絮状菌丝体，果实腐烂，在病部产生菌核。叶柄受害与茎蔓相同。花器受害时呈水浸状腐烂，卷须受害初为水浸状，后干枯死亡。
病原
病原物为核盘菌属核盘菌Sclerotinasclerotiorum（Lib.）deBary.，属子囊菌亚门。菌核长圆形或不规则形，黑色，大小2－7毫米×1－3毫米。菌核萌发时产生子囊盘。子囊盘初为肉色杯状，展开后呈盘状或扁平状。子囊盘直径2.0－7.5毫米，黄褐色，有柄。子囊棒状，无色，内含8个子囊孢子。子囊孢子椭圆形，单胞，无色，侧丝丝状。病菌寄主范围广泛，除西瓜外，还为害31科171种植物。
发病规律
病菌主要以菌核在土壤或混杂在种子中越冬，也可在寄主残体上越冬，第二年春季条件适宜时，菌核萌发产生子囊盘，释放子囊孢子，子囊孢子借气流和雨水传播，为害西瓜幼苗和棚室内的西瓜植株，个别低温多雨年份，露地西瓜早期也可受害。此外，若带菌肥料和残留于土壤中的病残体接触西瓜茎蔓基部，也可引起发病。果实受害，大多是因花器受侵染以后，向蒂部扩展蔓延引起。菌核不需休眠即可萌发，故棚室西瓜可周年受害。高温高湿，地势低洼，土质粘重，排水不良，植株过密，通风透光不良，偏施氮肥等，可加重病害发生。西瓜连作或种在菜茬上，发病也重。
防治方法
（1）农业防治
①轮作与禾本科作物实行2年以上轮作或水旱轮作，南方瓜区利用晚稻后茬种植西瓜。②施用净肥棚室或大田施用腐熟有机肥，避免带有病残体和菌核的未腐熟的有机肥进入瓜田。③育苗床土用70%敌克松原粉1000倍液，或每升含75%土菌消可湿性粉剂700毫克的药液，每平方米床面浇灌4－5千克，④苗床管理注意保温和通风换气，提高植株抗病力。
（2）药剂防治
①棚室施药棚室西瓜在发病初期，用百菌清烟剂或扑海因烟剂熏烟防治，每棚室用药0.25千克，8－10天熏l次，连熏2－3次。也可用40%施佳乐悬浮剂800－1000倍液、或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液、或50%扑海因可湿性粉剂1000－1500倍液、60%防霉宝可湿性粉剂500倍液喷雾。7天左右喷1次，连喷2－3次。②露地施药用40%纹枯利、50%腐霉利、40%菌核净可湿性粉剂、或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000－1200倍液、50%速克灵可湿性粉剂1000－1500倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，从始花期开始喷药，10天左右喷1次，连喷2－3次。上述药剂，应交替使用。