西瓜菌核病能使西瓜茎蔓、叶柄、卷须、花、果实均可受害。茎蔓受害，初为水浸状斑点，后变为浅褐色至褐色，当病斑环绕茎蔓1周以后，受害部位以上茎蔓和叶片失水萎蔫，枯死。湿度大时，病部变软，表面长出白色絮状霉层，即病原菌的菌丝体，后期病部产生鼠粪状黑色菌核。 果实发病多在脐部，受害部位初呈褐色、水浸状软腐，病斑不断向果柄扩展，病部产生棉絮状菌丝体，果实腐烂，在病部产生菌核。叶柄受害与茎蔓相同。花器受害时呈水浸状腐烂，卷须受害初为水浸状，后干枯死亡。
防治方法
（1）农业防治
①轮作与禾本科作物实行2年以上轮作或水旱轮作，南方瓜区利用晚稻后茬种植西瓜。 ②施用净肥棚室或大田施用腐熟有机肥，避免带有病残体和菌核的未腐熟的有机肥进入瓜田。 ③育苗床土用70%敌克松原粉1000倍液，或每升含75%土菌消可湿性粉剂700毫克的药液，每平方米床面浇灌4－5千克， ④苗床管理注意保温和通风换气，提高植株抗病力。
（2）药剂防治
①棚室施药棚室西瓜在发病初期，用百菌清烟剂或扑海因烟剂熏烟防治，每棚室用药0.25千克，8－10天熏l次，连熏2－3次。也可用40%施佳乐悬浮剂800－1000倍液、或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液、或50%扑海因可湿性粉剂1000－1500倍液、60%防霉宝可湿性粉剂500倍液喷雾。7天左右喷1次，连喷2－3次。 ②露地施药用40%纹枯利、50%腐霉利、40%菌核净可湿性粉剂、或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000－1200倍液、50%速克灵可湿性粉剂1000－1500倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，从始花期开始喷药，10天左右喷1次，连喷2－3次。上述药剂，应交替使用。