大蒜菌核病主要为害大蒜假茎基部，初期发病病部水渍状，以后病斑变暗色或灰白色，渍疡腐烂，腐烂部位发出强烈的蒜臭味。那么大蒜菌核病发生的原因有哪些？
1.温度、湿度。该病菌喜低温高湿，一般温度在15℃～20℃、相对湿度在85%以上，有利于菌核的萌发和菌丝的生长、侵入。由于采用地膜覆盖，膜下长期保持高温状态（相对于湿度大于80%），有利于菌核病的发生，这也是导致我县此病逐年加重的主要因素之一。在本地，播种早的年份或地块，冬前就能发病，如1996年10月份，平均气温15.6℃，接近常年，而11月上旬平均气温分别比常年同期偏低1.45℃和1.23℃，11月26日定点观察地块才查到病株；而1997年10月份平均气温比常年偏高1.75℃，11月上旬偏高0.85℃，11月19日定点地块就发现病株。多数菌核年后萌发，当2月下旬至3月上旬平均气温通过6℃时，土壤中菌核就陆续产生子束盘，4月上旬气温上升到13℃～14℃时，形成个侵染高峰。春季阴雨天气多常加重病情发展。
2.轮作、连作。连作地由于菌核落在土中，连年积累，因而发病较重，轮作能减少田间菌源的积累，特别是与小麦轮作，由于大蒜菌核病病菌不能侵染小麦，菌核萌发后没有适生环境，不能完成侵染循环，因而能降低发病程度。试验表明，隔5年轮作1年小麦的老蒜地平均病株率比连作6年的老蒜地低18.6%，病指少11.1。
3.覆膜方式。1997年我们选择一常年重发地块进行的试验证明，以覆膜蒜地发病重，秋季覆膜春季4月15日揭膜蒜地次之，露地蒜发病轻。但测产表明，春季揭膜蒜和露地蒜分别比覆膜蒜亩产低7.8%和25%，揭膜蒜地对产量的影响超过了病害的为害损失，因而不能把揭膜作为一项防治措施。