棉花棉苗立枯病的病菌主要以菌丝体和菌核在土壤中或病残体上越冬，较少以菌丝体潜伏在种子内越冬，但收花前遇低温多雨年份棉铃染病时，病菌侵入铃内，造成种子带菌，成为翌年初侵染源。
在棉田病菌多集中在6cm以内的表土层，可存活2-3年。棉花棉苗立枯病的病菌遇适宜条件和寄主，菌丝贴寄主表皮细胞形成侵染垫，然后伸出侵染线侵入细胞为害，也可从伤口及自然孔口侵入，菌丝扩展引致组织坏死变褐，病死植株的皮层缚织充满菌丝和菌核成为重要的再侵染源。棉花棉苗立枯病的病菌借流水、地下害虫及农事操作传播。阴雨多湿天气利于立枯病发生。
此外，生产上地势低洼或土质粘重的棉田易发生棉花棉苗立枯病；播种过早、土温低、幼苗生长缓慢及排水不良发病重。