小麦土传花叶病毒的自然传播介体为禾谷多黏菌；病株汁液磨擦也可传病，但是对发病影响不大。禾谷多黏菌是禾谷类植物根部表皮细胞内的一种严格寄生菌，病毒在其休眠孢子囊内越夏，秋播后随孢子萌发传至游动孢子，当游动孢子侵入小麦根部细胞时，病毒即进入小麦体内。多黏菌在小麦根部细胞内可发育成变形体并产生游动孢子进行再侵染。小麦近成熟时多黏菌在小麦根内形成休眠孢子囊，随病根残留在土壤中存活。在干燥条件下，休眠孢子囊在土壤中可存活3年以上。土壤中的休眠孢子囊可随耕作、流水等方式扩大危害范围。
此病的发生与土壤温度和湿度、质地、栽培条件和品种抗病性等因素有关。土壤低温高湿有利于病害发生，5℃-15℃是病害发生的温度范围，8℃～12℃适于病害发生。春季多雨低温，地势低洼、重茬连作，土质砂壤，播种偏早等条件均会使病情加重。不同小麦品种对各种土传花叶病毒的抗病性存在差异，如泰山1号高感土传花叶病毒。