防治水稻二化螟，为利用卵期天敌，应尽量避开卵孵盛期用药。一般在早、晚稻分蘖期或晚稻孕穗、抽穗期卵孵高峰后5-7天，当枯鞘丛率5%-8%，或早稻每667米2有中心受害株100株或丛害率1%-1.5%或晚稻受害团高于100个时，应及时用药防治；未达到防治指标的田块可挑治枯鞘团。
水稻二化螟盛发时，水稻处于孕穗抽穗期，防治白穗和虫伤株，以卵盛孵期后15-20天成熟的稻田作为重点防治对象田。在生产上使用较多的药剂品种是杀虫双、杀虫单、三唑磷等，一般每667米2用78%精虫杀手可溶性粉剂40-50克或80%杀虫单粉剂35-40克或25%杀虫双水剂200-250毫升或20%三唑磷乳油100毫升，兑水40-50升喷雾，或兑水200升泼浇或400升大水量泼浇。
目前，许多稻区水稻二化螟对杀虫双、三唑磷等已产生严重抗药性，2009年前常用5%锐劲特（氟虫腈）悬浮剂30-40毫升，兑水40-50升喷雾。但自2009年10月起氟虫腈因为对环境极不友好禁止在水稻上使用，建议采用苏云金杆菌（金骠悍）等生物制剂，防效突出的同时对环境友好，对鳞翅目害虫有很好的杀灭效果，施药期间保持深3-5厘米浅水层3-5天，可提高防治效果。