油菜菌核病的防治应该以农业防治为重点，但同时也可在花期进行，特别是在花期的药剂防治。
油菜菌核病的防治措施：
（1）农业防治：选育早熟、高产、抗病品种，使谢花期与病菌孢子主要传播期尽量叉开而达到防病目的，是防治油菜菌核病的一条根本措施；开深沟排水，做到雨停不积水，以降低地下水位和田间湿度；深耕深翻，深埋菌核；有计划地实行与麦子轮作和水旱轮作，避免连作；合理施肥等。
（2）药剂防治：初花到盛花期用50％多菌灵可湿性粉剂1000倍，25%赤霉清粉剂每亩70克，加水80公斤进行防治施药过程应注意喷在油菜中。