番茄性斑疹病主要危害作物的果实，尤其近成熟的果实，应及时进行防治。
番茄性斑疹病可危害叶、茎、花、叶柄和果实，尤以叶缘及未成熟果实明显。叶片染病，产生深褐色至黑色斑点，四周常具黄色晕圈；叶柄和茎染病，产生黑色斑点；幼嫩绿果染病，初现稍隆起的小斑点，果实近成熟时，围绕斑点的组织仍保持较长时间绿色。主要危害叶、茎、花、叶柄和果实。
叶片感染病害，产生深褐色至黑色不规则斑点，直径2-4厘米，斑点周围有或无黄色晕圈。叶柄和茎秆症状相似，产生黑色斑点，但病斑周围无黄色晕圈。病斑易连成斑块，严重时可使一段茎秆变黑。花蕾受害，在萼片上形成许多黑点，连片时，使萼片干枯，不能正常开花。幼嫩果实初期的小斑点稍隆起，果实近成熟时病斑周围往往仍保持较长时间的绿色。病斑附近果肉凹陷，病斑周围黑色，中间色浅并有轻微凹陷。