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棉花叶烧病病菌在病株残体上可过冬，在春季时会产生孢子，在多雨高湿或秋季冷凉的情况下，会进行再次浸染，加重病情。
棉花叶烧病病菌学名Mycosphaerellagossypina，称棉球腔菌，属子囊菌亚门。病原以菌播。其发生与天气关系密切丝体在棉花病残体上越冬。春天条件适合时产生分生孢子，靠风雨及昆虫传，多雨高湿或秋季冷凉条件下可进行多次再侵染：棉株受其他病害侵染或肥力不足等引起棉株长势弱时，易发病。
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