水稻恶苗病从秧苗期到抽穗期都能发生，一般分蘖期发生多。病苗比健苗高而细弱，叶片和叶鞘窄长，淡黄绿色，根部发育不良，根毛数目减少，有时有过度分根现象，病菌多于移栽前或移植后陆续死亡。 （1）品种与发病关系病菌主要以分生孢子在水稻种子表面和菌丝体在种子内部越冬，一般均由带病种子传播。水稻品种间抗病性有一定的差异，从目前看，辽盐系品种易感恶菌病。
（2）栽培与发病关系潜伏在稻草内的菌丝体和病草上生成的子囊壳，在较干燥的情况下可以越冬，但在潮湿的土壤内寿命很短。即使播种无病的稻种，如果把上年的病草作覆盖物，常常引起发病。播种受机械损伤的稻种或秧苗根部受伤严重时，插秧后发病就重。分生孢子发芽后一般都从伤口侵入，引起再次侵染。
（3）气候与发病关系水稻恶苗病菌发育的适温度在25－30℃之间，高于40℃或低2℃于都不能生长。侵害寄主以35℃适宜，31℃易引起稻株徒长。