冬小麦对锰元素较敏感，在缺锰的土壤里种植冬小麦，会出现小麦缺锰症。其症状是初期叶面颜色退谈，远看好象缺氮一样，近看则与叶脉平行地出现许多黄白色的细小斑点，逐渐扩大，连接呈状，使叶片离二分之一至三分之一处折断下垂。同时，病麦根系不发达，须根少，细而短，有的变褐变黑死亡。植株生长缓慢，无分蘖或很少分蘖。严重的还会延迟抽穗，影响小麦结实率和干粒重。
小麦缺锰的防治，一般用3～4克硫酸锰每5公斤小麦种，严重的缺锰田还应增加2～3次叶面喷施，浓度为0。2%左右。或者每亩用硫酸锰1公斤，与土杂肥、尿素、过磷酸钙等肥料均匀拌和后施用，以减少土壤对锰肥的固定，提高肥效。化学氮肥施用过多会加重缺锰，因此要注意氮肥的合理使用。缺锰土壤一般在石灰性反应强烈的地方，由于pH值增高，化学原因降低锰的有效性；砂土地全锰低，有效锰也低，加之砂土漏渗严重，灌水量大时，在还原条件下锰随水流失的量也大；特别在水旱轮作田，应注意缺锰的问题。在种稻时，锰被大量渗漏，种麦时又被很快氧化为不可给态，反复数十年，表层土壤含锰量逐年减少，作物会出现缺锰症。