小麦茎基腐病是一种对小麦生长产生严重影响的病害，其危害主要表现在以下几个方面：
产量下降：小麦茎基腐病会导致小麦的茎基部受损，进而影响小麦的正常生长和发育。在严重的情况下，会导致小麦的产量显著下降，甚至造成绝收。在逢多雨年份，小麦茎基腐病可能导致小麦减产10%~20%左右，重度发生地块减产甚至可达50%。
品质降低：受到茎基腐病侵害的小麦，其品质也会受到影响。病害会导致小麦的茎秆易折断，穗部发育不全，籽粒秕瘪或无粒，从而降低小麦的商品价值。
传播迅速：小麦茎基腐病是一种土传病害，一旦在田间发生，很容易通过土壤、水流等方式迅速传播，扩大危害范围。