小麦黑胚病是一种病害。小麦感病后，胚部会产生黑点。如果感染区沿腹沟蔓延并在籽粒表面占据一块区域，会使籽粒出现黑斑，使小麦籽粒变成暗褐色或黑色。黑胚粒小麦不仅会降低种子发芽率，而且对小麦制品颜色等会产生一定影响。
我国小麦质量标准中，将黑胚粒增补为不完善粒，收购时允许含量不得超过4.0%.小麦黑胚病的发生程度与品种、地区、年份和农艺措施有关。小麦生育期间尤其是籽粒灌浆期间降雨和露水强烈的地区，黑胚病发生较重；栽培中高氮肥和频繁的灌溉方式，亦会加重黑胚病的发生。
防治小麦黑胚除选用抗黑胚病品种外，要特别注意小麦扬花灌浆期的防治。在小麦灌浆初期，若天气预报有连阴雨，应抓紧时间用药，此时防治效果。可用12.5%禾果利可湿性粉剂每十五分之一公顷20至40克，对水50千克喷施，效果
黑胚病防治措施：
1.种子处理。播种前可选用种子重量0.2%的20%粉锈宁乳油拌种，降低苗期病害发生程度。
2.加强管理。在增施有机肥的基础上，搞好氮、磷、钾与微肥的配合施用，增加土壤透气性，播种时不要播种过深，干旱时要及时浇水。在小麦拔节孕穗期及扬花期每亩用20%粉锈宁乳油75克或12.5%禾果利可湿性粉剂20克对水50千克进行叶面喷雾，可有效地控制该病发展。
3.实行轮作。将小麦与油菜、马铃薯等非禾本科作物实行轮作，深翻土壤将病株残体深埋土中，以消灭病菌。
4.选用抗病品种。