谷子粒黑穗病主要为害穗部，通常一穗上只有少数籽粒受害。抽穗前不易发现，较难识别。病穗刚抽出时，因孢子堆外有子房壁及颖片掩盖不易发现。病穗短，直立，大部分或全部子房被冬孢子取代。当孢子堆成熟后全部变黑才显症。病粒较健粒略大或相等。颖片破裂、子房壁膜破裂后散出黑粉，即病原菌冬孢子。
形态特征
该菌孢子堆可产生在寄主各个部位，多生于子房内，成熟后呈粉状，有的呈胶合状，深褐色至褐色。小穗大部分被毁坏为黑粉，颖片和子房壁渐变白色。孢子堆球形至卵圆形，大小2~4mm。冬孢子红褐色至榄褐色，球形或近球形至多角形，表面平滑，大小7~12μm。该菌不经休眠即可萌发，萌芽时产生先菌丝，不产生担孢子。萌发适温20~25℃。
传播途径
该病属芽期侵染的系统性病害。冬孢子附着在种子表面越冬，成为翌年初侵染源。
发病条件
种子萌发时，病菌的双核菌丝主要从幼苗的胚芽鞘侵入，并扩展到生长点，随寄主发育不断扩展，侵入穗部，破坏子房，致病穗上籽粒变成黑粉。