香菜菌核病主要为害茎，从茎基部开始出现水渍状软腐，致幼苗折倒枯死；成株能支撑几天，湿度大时，病部生出繁茂的棉絮状白色菌丝，向四周健株蔓延，致病组织腐烂，后期在菌丝间形成黑色鼠类状坚硬的菌核。
香菜菌核病防治方法
（1）实行3年轮作。
（2）从无病株上选留种子或播前用10%盐水选种，除去菌核后再用清水冲洗干净，晾干播种。
（3）适度密植，及时拔除杂草。
（4）设法降低棚内或田间湿度，发现病株及时拔除，携出田外集中烧毁。以减少菌核形成。收获后及时深翻或灌水浸泡或闭棚7～10天，利用高温杀灭表层菌核。
（5）采用地膜覆盖，阻挡子囊盘出土，减轻发病。
（6）采用生态防冶法避免发病条件出现。
（7）发病初期开始喷洒5%速克灵或50%扑海因或50%农利灵可湿性粉剂1000～1500倍液、或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液及50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、60%防霉宝超微粉600倍液、20%甲基立枯磷乳油1000倍液，667平米喷对好的药液60升，隔8～9天1次，连续防治3～4次。
（8）棚、室栽植芫荽使用15%腐霉利（速克灵）烟剂或45%百菌清烟剂，每667平米250克，熏1夜，隔8～10天1次，连续或与其它方法交替防治3～4次。如喷撒5%百菌清粉尘剂，每667平米1kg。采收前7天停止用药。