苦瓜菌核病主要为害果实和茎蔓。果实染病多始于残花部，初呈水渍状，后长出白色菌丝，菌丝纠结成黑色鼠粪状菌核。茎蔓染病初在病部产生褪色水渍状斑，后长出菌丝，病部以上叶、蔓萎凋枯死。
苦瓜菌核病防治方法
基本方法
（1）选用成都大白苦瓜，湖南89—1苦瓜、89—3苦瓜等耐寒的品种，可减轻发病。
（2）农业防治。有条件的实行与水生作物轮作或夏季把病田灌水浸泡半个月，或收获后及时深翻，深度要求达到20厘米，将菌核埋入深层，抑制子囊盘出土。同时采用配方施肥技术，增强寄生抗病力。
（3）物理防治：播前用10%盐水漂种2～3次，汰核，或塑料棚采用紫外线塑料膜，可抑制子囊盘及子囊孢子形成。也可采用高畦覆盖地膜抑制子囊盘出土释放子囊孢子减少菌源。
（4）种子和土壤。定植前用20%甲基立枯磷配成药土耙入土中，每667㎡用药0.5kg对细土20kg拌匀；种子用50℃温水浸种10分钟，即可杀死菌核。
（5）生态防治。棚室上午以闷棚提温为主，下午及时放风排湿，发病后可适当提高夜温以减少结露，早春日均温控制在29℃或31℃高温，相对湿度低于65%可减少发病，防止浇水过量，土壤湿度大时，适当延长浇水间隔期。
药剂防治
（1）棚室或露地出现子囊盘时，采用烟雾或喷雾法防治。用15%速克灵烟剂或45%百菌清烟剂，每667㎡250克，熏1夜，隔8～10天1次，连续或与其它方法交替防治3～4次；喷撤5%百菌清粉尘剂，每667㎡1kg；或喷洒50%速克灵可湿性粉剂1500倍液、50%扑海因或50%农利灵可湿性粉剂1000倍液；60%防霉宝超微粉600倍液、20%甲基立枯磷乳油1000倍液、50%扑海因可湿性粉剂1500倍液加70%甲基硫菌灵（甲基硫菌灵）可湿性粉剂1000倍液于盛花期喷雾，每667㎡喷对好的药液60升，隔8～9天1次，连续防治3～4次，病情严重时，除正常喷雾外，还可把上述杀菌剂对成50倍液，涂抹在瓜蔓病部，不仅控制扩展，还有作用。
（2）在土壤中添加0.5%及1%的s—H混合物（稻壳、蔗渣、虾壳粉、矽酸炉渣）等加尿素、过磷酸钙、硝酸钾制成土壤添加剂或土壤添加矿灰、碳酸钙都可明显抑制菌核病的发生。