苦瓜根腐病主要侵染根及茎部。根部发病初期呈水浸状，后腐烂。茎缢缩不明显，病部腐烂处的维管束变褐，不向上发展。后期病部变褐，留下丝状维管束。病株地上部初期症状不明显，后叶片中午萎蔫，早晚尚能恢复。严重的则多数不能恢复而枯死。
病害方法
⑴农业防治。采用高畦栽培，认真平整土地，防止大水漫灌及雨后田间积水，苗期发病要及时松土，增强土壤透气性。施用腐熟的有机肥。科学管理水分，防止水分过多、过量，避免高温条件出现。
⑵药剂防治。用40％拌种双粉剂每平方米8克处理土壤。发病初期喷药或灌药，常用农药有50％甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，根腐灵300倍液，60%防霉宝超微可湿性粉剂800倍液和50％苯菌灵可湿性粉剂1500倍液。采收前3天停止用药。