西瓜镰刀菌根病播种后有的未出土前即在土中烂种烂芽，出土后瓜苗在子叶期出现地上部分萎蔫。拔出病根可见根尖呈黄色或黄褐色腐烂，严重的蔓延至全根，致地上部枯死。
尖孢镰刀菌根腐病接菌后3～5叶期陆续开始发病，初仅在中午出现萎蔫，早晚恢复，后逐渐发展为全株叶片柔软下垂，致叶片和茎干枯。拔出病根，外表症状不明显，但剖开根后，可见维管柬中有褐变或出现褐色条纹状病变。
防治方法：
（1）选用耐湿品种。郑杂7号、早佳、京欣1号、蜜桂、（湘西瓜3号）、皖杂1号、绿园2号等。（2）施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟有机肥、绿丰生物肥、采用配方施肥技术，减少化肥施用量，培养有益微生物，减少发病。（3）科学确定播种或定植期，不要过早播种。（4）有条件的与十字花科、百合科、豆科进行3年以上轮作。（5）采用高畦或起垅栽培，铺地膜，防止大水漫灌，雨后及时排水，苗期发病的要及时松土，提高地温，增强土壤通透性。（6）发病初期喷洒或浇灌双多悬浮剂600～700倍液或连茬液300倍液、60％防霉宝超微可湿性粉剂800倍液、50％苯菌灵可湿性粉剂1500倍液。也可把上述药剂配成药土，撒在茎基部。