芝麻茎点枯病又称茎腐病、炭腐病、立枯病、黑根疯、黑秆疯等。主要为害芝麻幼嫩或衰老的组织，多在苗期和开花结果期发病。苗期染病幼苗根部变褐，地上部萎蔫枯死，幼茎上密生黑色小点。开花结果期染病从根部开始发病，后向茎扩展，有时从叶柄基部侵入后蔓延至茎部。根部染病主根、支根变褐，剥开皮层可见布满黑色小菌核，致根部枯死。茎部染病多发生在中下部，初呈黄褐色水浸状，后扩展很快绕茎一周，中心有银灰色光泽，其上密生黑色小粒点，表皮下及髓部产生大量小菌核，茎秆中空易折断。病部以上茎秆枯死，蒴果呈黑褐色干枯，病种子上生有小黑点状菌核。
防治方法（1）选用中芝7号、中芝8号、中芝9号、河南1号、豫芝1号、豫芝3号、豫芝4号、豫芝5号、东平芝麻、临沂蒺藜秆、冀芝1号、冀芝3号、驻芝1号、驻芝2号、犀牛角、宜阳白、苍山芝麻、宁津大八杈、沂南芝麻等抗病或耐病品种。此外我国的霸王鞭、独苔、狼尾巴等农家品种，产量虽不高，但抗病性很强。（2）用种子重量0.2%的50%多菌灵可湿性粉剂或50%苯菌灵可湿性粉剂、80%喷克可湿性粉剂拌种，对控制苗期茎点枯病有效。（3）成株在发病初期用36%甲基硫菌灵悬浮剂600倍液或50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂600-700倍液、40%百菌清悬浮剂（顺天星1号）600倍液（北京市顺义县农药厂）喷茎、荚，防效可达90%以上。此外喷洒1：1：150倍式波尔多液或47%加瑞农可湿性粉剂、12%绿乳铜乳油600倍液也有效。