高粱丝黑穗病该病以种子带菌为主。散落在土壤中的病菌能存活1年，冬孢子深埋土内可存活3年。散落于土壤或粪肥内的冬孢子是主要侵染源。
（1）选用抗病品种目前生产上抗丝黑穗病的杂交种有：黑杂34、黑杂46、齐杂1号、晋杂5号、忻杂5号、忻杂7号、冀杂1号、辽杂4号、辽饲杂2号等。抗病亲本有黑龙14A、7152A、吉农105A等。
（2）大面积轮作与其它作物实行3年以上轮作，能有效地控制该病发生，是经济有效的农业防治措施。
（3）秋季深翻可减少菌源，减轻下一年发病。
（4）种子处理
①温水浸种。用45～55℃温水浸种5分钟后接着闷种，待种子萌发后马上播种，既可保苗又可降低发病率。
②药剂拌种。用25%三唑酮可湿性粉剂2g拌1kg高粱种，防效优异。也可用50%萎锈灵粉剂35g拌5kg种子，拌种后播种。
（5）适时播种，不宜过早。提高播种质量，使幼苗尽快出土，减少病菌从幼芽侵入机会。
（6）拔除病穗，要求在出现灰包并尚未破裂之前进行，集中深埋或烧毁。