高粱炭腐病病菌以菌丝或菌核随病残体在土壤中越冬。翌春条件适宜产生分生孢子，借雨水溅射传播，孢子萌发进行初侵染，引起幼苗或成株发病。病部产生的分生孢子借风雨传播进行多次再侵染。
（1）收获后及时病残体，集中深埋或烧毁以减少菌源。
（2）有条件的可与稻、麦轮作。
（3）施用酵素菌沤制的堆肥，注意增施钾肥，以增强寄主抗病力。
（4）木素木霉对此菌抑制作用强，可将其与饼肥混合制成抗生菌肥料施用。
（5）必要时喷洒50%琥胶肥酸铜（DT杀菌剂）可湿性粉剂500倍液或80%新万生可湿性粉剂600倍液，隔10天1次，连续防治2～3次。