玉米苗枯病病原菌在种子萌动期即可侵入，先在种子根和根尖处变褐，后扩展导致根系发育不良或根毛减少，次生根少或无，初生根老化，皮层坏死，根系变黑褐色，并在茎的节间形成坏死斑，引起茎部水浸状烂，易断裂，叶鞘也变褐撕裂。
1、选用优质、抗病品种，且选用粒大饱满、发芽势强的玉米种子。
2、播种前先将种子翻晒1～2天。药剂浸种用40%克霉灵600倍液或70%甲基硫菌灵500倍药液浸40分钟，晾干后播种；也可用2.5%咯菌腈悬浮种衣剂10克加水100毫升，拌种5公斤；或者25%戊唑醇2克，拌种5公斤，同时预防丝黑穗病。
3、合理施肥，加强管理。种子肥或者苗期到拔节期追肥，一定要增施磷钾肥，以培育壮苗，尤其注意补充磷、钾肥。促进根系生长，使植株生长旺盛，以提高抗病能力。
4、在苗枯病发病初期及时用药。可用70%甲基硫菌灵800倍液，或者20%三唑酮1000倍，或者恶霉灵3000倍，连喷2次（每次用药间隔7天左右）喷药的同时可加入喷施农喜十乐素、蓝色晶典、壮汉、六高二氢钾营养调节剂，以促苗早发，以增强植株抗逆、抗病力，可有效防治和控制苗枯病。