小麦叶枯病菌体秆状，极生一根或几根鞭毛，大小（0.5～0.7）nm×（O.8～2.2）nm。格兰氏染色阴性。在金氏培养基β（Kengsβ）上菌落乳白色、圆形、光滑，并产生一种绿色萤光。在牛肉汁琼脂培养基上菌落灰白色，后呈浅蓝色。液化明胶，水解淀粉，腐烂马铃薯块，对葡萄糖、蔗糖、果糖、甘露糖、半乳糖、甘露醇、甘油、山梨糖醇和赤鲜醇等产酸不产气，而对乳糖、麦芽糖不产酸。能利用柠檬酸盐、乳酸盐和琥珀酸盐，不能利用醋酸盐、酒石酸盐或草酸盐。能形成吲哚，不能还原硝酸盐。
丁香假单胞秆菌是一个包括许多株系的混合种，不同于草本或禾本科寄主上的专化菌株，所以许多丁香假单胞秆菌的分离菌都不寄生在小麦上。