胡萝卜灰霉病主要为害肉质根，在贮藏的中后期发生多，是贮藏期的重要病害。其防治方法有：
1、选用较抗病品种。如：腊捻、多伦红等优良品种。
2、选地势平坦、肥沃地块，精细整地、施用腐熟有机肥。氮肥不宜过多，不宜施用新鲜厩肥。
3、加强田间管理，适时收获。收获前及时病残体，收获、贮运过程中精心操作，尽量减少伤口产生。
4、入窖前晾晒几天，严格剔除伤、病肉质根，防止带病肉质根混入窖内。
5、可采用冷藏法，冷却速度越快，发病率越低。贮藏期间窖内温度控制在13℃以下，湿度保持90%～95%，严防窖内滴水及寒潮侵袭或受冻。
6、贮窖内发病时可喷洒50%扑海因可湿性粉剂1500倍液或50%速克灵可湿性粉剂2000倍液，也可用15%腐霉利烟剂每100立方米 60克 熏烟，隔10天左右再熏一次。