水稻稻秆腐病发病较重的主要是小球菌核病和小黑菌核病，主要以菌核在稻桩和稻草或散落于土壤中越冬，可存活多年。当整地灌水时菌核浮于水面，粘附于秧苗或叶鞘基部，遇适宜条件（17℃）菌核萌发后产生菌丝侵入叶鞘，后在茎秆及叶鞘内形成菌核。有时病斑表面生浅灰霉层，即病菌分生孢子，分生孢子通过气流或昆虫传播，也可引起再侵染。但主要以病健株接触短距离再侵染为主。菌核数量是次年发病的主要因素。
在水稻拔节期和孕穗期喷洒40%克瘟散（敌瘟灵）或40%富士一号乳油1000倍液、5%井冈霉素水剂1000倍液、70%甲基硫菌灵（甲基硫菌灵）可湿性粉剂1000倍液、50%多菌灵可湿性粉剂800倍液、50%速克灵（腐霉剂）可湿性粉剂1500倍液、50%乙烯菌核利（农利灵）可湿性粉剂1000～1500倍液、50%异菌脲（扑海因）或40%菌核净可湿性粉剂1000倍液、20%甲基立枯磷乳油1200倍液。