辣椒沤根是一种生理性病害。瓜类早春苗床发生较重，尤以育苗技术粗放、气候不良的地方极易发生。
1.症状。发生沤根的幼苗，长时间不发新根，不定根少或完全没有，原有根皮发黄呈锈褐色，逐渐腐烂。沤根初期，幼苗叶片变薄，阳光照射后白天萎蔫，叶缘焦枯，逐渐整株枯死，病苗极易从土中拔起。
2.发生条件。沤根多发生在幼苗发育前期。辣椒苗沤根的主要原因是苗床土壤湿度过高，或遇连阴雨雪天气，床温长时间低于12℃，光照不足，土壤过湿缺氧，妨碍根系正常发育，甚至超越根系耐受限度，使根系逐渐变褐死亡。
3.防治方法。防治沤根应从育苗管理抓起，宜选地势高、排水良好、背风向阳的地段作苗床地，床土需增施有机肥兼配磷钾肥。出苗后注意天气变化，做好通风换气，可撒干细土或草木灰降低床内湿度，同时认真做好保温，可用双层塑料薄膜覆盖，夜间可加盖草帘。条件许可，可采用地热线、营养盘、营养钵、营养方等方式培育壮苗。