茄子菌核病和茎腐病虽然都在苗期为害茄子茎基部，容易混淆，但仔细观察还是有以下几点区别的：
首先，显著的区别就是，茎腐病发病初期，地上部分会表现出青枯状，即发病植株“中午萎蔫，早晚恢复”正常，重病株叶片萎蔫，似缺水状的特点。其次，两种病害在湿度大时，虽然都会产生白色菌丝，但茎腐病菌丝数量短、少而稀疏，菌核病会长出白色棉絮状菌丝，呈软腐状，无臭味，干燥后呈灰白色，菌丝集结为菌核，病部缢缩。因此菜农可以拔除患病植株用塑料袋密封放置两天，之后观察发病茎基部的菌丝生长状况以断定区分。另外，就病斑来讲：菌核病一般在茎基部离地面5cm处发病，不易往下扩展，且发病初期，茎基部呈淡褐色水渍状，稍凹陷，后来会渐渐变成灰白色；茎腐病则会在茎基部靠近地面3cm处产生褐色凹陷斑，向上下和左右扩展，严重时可围绕整个茎的基部，形成褐色凹陷病斑，后病部干缩，湿度大时皮层腐烂，露出木质部。，菌核病的病茎表面会形成黑丝菌核，切开患病植株的茎基部会发现髓部也有黑色菌核的特点。
防治方法：菌核病：发现病株要及时拔除带到棚外集中深埋或销毁。未发现病株的棚室采取有效措施预防发病，可以亩用50%多菌灵可湿性粉剂4-5公斤，对干土混匀撒于畦面，然后翻入土中。药剂防治：可以喷洒50%多·硫悬浮剂500倍液、50%腐霉利可湿性粉剂1500倍液、20%甲基立枯磷乳油900倍液、50%速克灵可湿性粉剂1500倍液、50%异菌脲（扑海因）可湿性粉剂1000倍液、50%乙烯菌核利（农利灵）可湿性粉剂1000倍防治，轮换或交替使用药剂，隔10-15天1次，连喷3-4次。
茎腐病：发现病株及时拔除，病穴用生石灰。防治：可以喷淋50%多·硫悬浮剂500倍液、或50%乙磷·锰锌可湿性粉剂500倍液或72%锰锌·霜脲（克露）可湿性粉剂600倍液防治，隔7-10天一次，连喷2-3次。