玉米病毒病发病率高，很难防治，是当今国内外难以攻克的“绝症”之一。在我国，病毒病的种类主要有粗缩病和矮花叶病两种，在大多数玉米主产区两病混合发生。
1、减少感病品种，加强种子处理。主要做好三方面的工作，一是在大田要因地制宜逐步压缩感病品种的种植面积，推广抗病耐病品种。二是严把药剂拌种关，推广种子包衣剂，大力种子包衣和药剂拌种，在重病地区实施种子统供、统一配方、统一拌种包衣，早期防治传毒昆虫。三是加强制种管理，尽可能在无病毒病发生的地区制种，降低种子带毒率。
2、注重栽培管理，提高植株抗性。，提供覆膜栽培，确保玉米苗齐苗壮，提高苗期抗病性；尽早定苗，拔除病株，田间病源。第二，加强田间管理，及时清田除草，减少传毒昆虫栖息繁衍场所。第三，加强健身栽培，合理调节水肥，喷施生长调节剂和叶面微肥，提高植株抗病性。
3、进行药剂防治，尽早除虫防病。苗期根据预测预报对灰飞虱和蚜虫要尽早进行药剂防治，具体可采用10%吡虫啉可湿性粉剂3000～5000倍液或25%扑虱灵可湿性粉剂1000～1500倍液均匀喷雾，对沟边、道旁和杂草多的地块要重点防治，注意防治套作、间作玉米田，减少传毒昆虫的为害；对已经感病的玉米，可在早期使用抗病毒病制剂如菌克毒克（宁南霉素）进行喷雾，对病性的控制和有一定的效果。