冬瓜霜霉病病原物为鞭毛菌亚门的古巴假霜霉菌。孢囊梗1～2枝或3～4枝从气孔伸出，主轴占全长的2/3～9/10，基部稍膨大，上部呈双叉状分枝3～6次；末枝稍弯曲或直；孢子囊淡褐色，椭圆形至卵圆形，具乳突，长宽比为1.2～1.7；以游动孢子萌发；卵孢子生在叶片的组织中，球形，淡黄色，壁膜平滑。
孢囊梗1～2枝或3～4枝从气孔伸出，长165～420微米，多为240～340微米，主轴长105～290微米，占全长的2/3～9/10，粗5～6.5微米，个别3.3微米，基部稍膨大，上部呈双叉状分枝3～6次；末枝稍弯曲或直，长1.7～15微米，多为5～11.5微米；孢子囊淡褐色，椭圆形至卵圆形，具乳突，大小15～31.5×11.5～14.5微米，长宽比为1.2～1.7；以游动孢子萌发；卵孢子生在叶片的组织中，球形，淡黄色，壁膜平滑，直径28～43微米。