大豆花叶病病症状常因品种、感病阶段及气温不同变异较大。常见症状有4种：轻花叶型叶片生长基本正常，叶上现出轻微淡黄绿相间斑驳，对光观察尤为明显，通常后期病株或抗病品种多表现此状。重花叶型病叶呈黄绿相间斑驳，皱缩严重，叶脉变褐弯曲，叶肉呈泡状凸起，叶缘下卷，后期致叶脉坏死，植株明显矮化。皱缩花叶型症状介于轻、重花叶型之间，病叶出现黄绿相间花叶，沿中叶脉呈泡状凸起，叶片皱缩呈歪扭不整形。黄斑型轻花叶型与皱缩花叶混生，出现黄斑坏死，表现为叶片皱缩褪色为黄色斑驳，叶片密生坏死褐色小点，或生出不规则的黄色大斑块，叶脉变褐坏死。此外，该病常引起豆粒出现斑驳，其色泽随豆粒脐部颜色而异，多褐色或浅褐色。此外，还可引起花芽萎蔫不结实或呈黑褐色枯死。