苹果轮纹病与苹果干腐病菌相似。以菌丝体和分生孢子器在枝干病部组织中越冬。春季由分生孢子器产生分生孢子，涌出灰白色孢子角。春雨中分生孢子分散、传播到枝干伤口、皮孔和果实皮孔附近，产生芽管侵入树体，然后潜伏。带菌果并不发病，待近成熟期和贮存期发病。品种抗病性有差异。富士、王林、千秋等品种高度感病。
病菌以菌丝体、分生孢子器在病组织内越冬，是初次侵染和连续侵染的主要菌源。于春季开始活动，随风雨传播到枝条和果实上。在果实生长期，病菌均能侵入，其中从落花后的幼果期到8月上旬侵染多。侵染枝条的病菌，一般从8月份开始以皮孔为中心形成新病斑，翌年病斑继续扩大。在果园，树冠外围的果实及光照好的山坡地，发病早；树冠内膛果，光照不好的果园，果实发病相对较晚。气温高于20℃，相对湿度高于75%或连续降雨，雨量达10mm以上时，有利于病菌繁殖和田问孢子大量散布及侵入，病害严重发生。山间窝风、空气湿度大、夜间易结露的果园，较坡地向阳、通风透光好的果园发病多；新建果园在病重老果园的下风向，离得越近，发病越多。果园管理差，树势衰弱，重黏壤土和红黏土，偏酸性土壤上的植株易发病，被害虫严重为害的枝干或果实发病重