病原菌为辣椒镰孢霉，属半知菌亚门。病菌主要以厚垣孢子在土壤中越冬，或进行较长时间的腐生生活。通过灌溉水传播，从茎基部或根部的伤口、根毛侵入，进入维管束，堵塞导管，致使叶片枯萎，田间积水，偏施氮肥的地块发病重。病菌发育适温为24～28℃，37℃，17℃。在适宜条件下，发病后15天即有死株出现，潮湿，特别是雨后积水条件下发病重。
辣椒枯萎病由辣椒镰孢霉引起。主要以厚垣孢子在土中越冬，或进行较长时间的腐生生活。在田间主要通过灌溉水传播，也可随病土借风吹往远处。该菌只为害甜椒、辣椒，遇适宜发病条件即从辣椒上部的伤口侵入或直接侵入。潮湿或水渍田易发病，特别是雨后积水，发病更重。