茄子菌核病整个生育期均可发病。苗期多于茎基部发病，初病部呈褐色水浸状，空气潮湿时很快长出白色绵絮状菌丝，发生软腐，但无臭味，菌丝中混生黑色小菌核，干燥时病部变灰白色。
成株期茎基部或侧枝发病，产生水浸状褐色病斑，并逐渐变为灰白色，稍凹陷，湿度大时病部长出白絮状菌丝，皮层发生湿腐，表皮和髓部长出黑色小菌核，干燥后髓部变空，病部表皮易破裂，维管束外露呈麻状，致植株枯死（图13—64）；叶片受害也先呈水浸状，后变为褐色网斑，有时具轮纹，发病部位长出白色菌丝，干燥后斑面易破；花蕾及花受害，出现水渍状湿腐，终导致脱落；果柄受害导致果实脱落；果实受害顶部或向阳面初现水渍状斑，后期变成褐色湿腐，稍凹陷，病斑表面长出白色菌丝体，后期形成菌核。